Com a aprovação do decreto número 53.258 de 22 de Julho de 2008, os serviços de transporte intermunicipal de cargas passa a ser isento de ICMS, desde que o tomador e o destino da mercadoria seja destinada a contribuinte do imposto neste estado, e o transporte tenha início e término em território paulista.

Com isso nas prestações de serviço de transporte em que o tomador seja contribuinte do imposto neste estado, mas o destino da mercadoria seja para fora do estado de São Paulo, o ICMS deverá ser destacado normalmente obedecendo a alíquota interestadual, ou seja, do estado de destino.

Portanto, não deverá mais ser informado "substituição tributária conforme artigo 317 do RICMS/2000" e sim utilizar a expressão "Isento de ICMS conforme Decreto 53.258/2008", e o CFOP 5.360 não deverá mais ser utilizado e sim o CFOP 5.352 (tomador indústria), 5.353 (tomador comércio), CFOP 5.354 (tomador empresa de telecomunicação), 5.355 (tomador empresa de energia elétrica).

Conclusão:
São Paulo       x      São Paulo              -   Isento de ICMS
São Paulo       x      Fora do estado     -   Tributado normalmente

Este decreto está em vigor desde 01/08/2008.

Links Relacionados:

http://www.jusbrasil.com.br/noticias/77940/icms-sp-isencao-do-icms-para-o-servico-de-transporte-intermunicipal-em-sao-paulo-a-partir-de-01-08-2008

http://www1.folha.uol.com.br/folha/dinheiro/ult91u426443.shtml

http://info.fazenda.sp.gov.br/NXT/gateway.dll?f=templates&fn=default.htm&vid=sefaz_tributaria:vtribut